I mai 1981 vedtok Oslo Bystyre å nedlegge skolen på grunn av synkende elevtall i området, og skolen stengte sommeren 1981. Skolene Trasop og Godlia ble slått sammen til en 1–9 skole med navnet Trasop/Godlia skole.

Lokalene på Godlia skole ble tidvis benyttet av Østlandske Musikkonservatorium og som avlastningslokaler for enkelte klassetrinn fra Trasop/Godlia skole, Skøyenåsen skole og Høyenhall skole i perioden fra 1981–1998.
Som følge av økende elevtall i distriktet vedtok Oslo Bystyre 25.09.1996 å gjenåpne Godlia skole fra august 1998.

Skoleanlegget gjennomgikk en fullstendig rehabilitering våren 1998, og det ble bygget en ny paviljong i skolegården. I tillegg har skolen en paviljong (kalt ”Humla”) ved Trasop skole. 17. august 1998 startet 179 elever fordelt på 1.–4. årstrinn på den “nye” Godlia skole.

Siden 2001 har skolen hatt elever på 1.–7. årstrinn. Knut Arne Karlsrud var rektor ved Godlia skole fra gjenåpningen i 1998 og frem til 1. august 2007. I perioden 1. august 2007 til 1. august 2011 var Nina Merete Norli rektor. Morten Relbo var rektor i perioden 1. august 2011 til 1. august 2013. 
1. august 2013 startet Øyvind Bibow Hansen som rektor og jobbet frem til 1.juni 2018. Fra 1.august 2018 startet Sverre Andenæs som rektor.